Nato a Napoli nel 1956, ha esordito professionalmente a Roma nel 1977 con la sua prima orchestra, ed è diventato presto uno uno dei jazzisti italiani più attivi. Allo stesso tempo ha cominciato a lavorare in studi di registrazione, orchestre sinfoniche e spettacoli televisivi.

Si è diplomato in sassofono nel 1979 con Baldo Maestri.

Nel 1983 ha vinto il concorso di primo sax tenore nell'orchestra della RAI-TV di Roma e ne è entrato a far parte. Dopo un anno ha lasciato l'orchestra per dedicarsi all'attività concertistica e all'insegnamento.

Nell'83 ha formato assieme a Baldo Maestri un quartetto di sassofoni specializzato in un repertorio a metà fra musica classica e jazz, un gruppo che ha ancora oggi con Pasquale Laino, Pietro Tonolo e Rossano Emili, col nome di "ARUNDO DONAX".

Nel 1988 ha fondato la propria orchestra "Mario Raja BIG BANG" con alcuni fra i più importanti jazzisti italiani. Con l'orchestra ha avuto una notevole attività, suonando nei più importanti festivals italiani e partecipando a programmi radiofonici e televisivi. Dell'orchestra fanno oggi parte Gabriele Mirabassi, Pietro Tonolo, Maurizio Giammarco, Rossano Emili, Marco Tamburini, Giampaolo Casati, Marcello Rosa, Roberto Rossi, Piero Leveratto, Pietro Lussu e Lorenzo Tucci.

In questi anni ne hanno fatto parte anche Stefano Di Battista, Danilo Rea, Roberto Gatto, Enzo Pietropaoli, Alberto Corvini, Rita Marcotulli, Roberto Ottini, Paolo Fresu, Flavio Boltro, Chiara Civello, Maria Pia De Vito e Danilo Terenzi.

Raja ha lavorato con una quantità di grandi artisti come Bob Brookmeyer, Mel Lewis, Joe Lovano, Gary Smulyan, Enrico Rava, Jerry Lewis, Giovanni Tommaso, Phil Woods, Gianluigi Trovesi, Sal Nistico, Muhal Richard Abrams, Bob Mintzer, Rachel Gould, Bruno Tommaso, Hal Crook, Massimo Urbani, Stevie Wonder.

Ha lavorato con le principali orchestre sinfoniche italiane con direttori come George Pretre, Daniel Oren, Luciano Berio, Giuseppe Sinopoli.

Ha composto e arrangiato per cinema, televisione, per una quantità di gruppi dal combo di jazz all'orchestra sinfonica e anche per la "Mingus Big Band" di New York e per la Big Band di Pechino.

É stato primo sax alto e arrangiatore della "Grande Orchestra Nazionale di Jazz" diretta da Giorgio Gaslini.

Nel gennaio 2000 ha realizzato con BIG BANG una rilettura delle musiche di Herbie Nichols per il Teatro Metastasio di Prato.

Dal 2000 è direttore della Perugia Jazz Orchestra. Con questa orchestra, nel marzo 2003, ha diretto le partiture originali delle versioni di Ellington/Strayhorn del "Peer Gynt" di Grieg e dello "Schiaccianoci" di Tchaikovsky per gli "Amici della Musica" di Perugia.

Nel 2002 ha formato assieme a Marvi La Spina e Bruno Tommaso il trio Lighea , con un programma di composizioni originali ispirate dalla tradizione popolare siciliana. Di questo gruppo è appena uscito un CD per la Splasc(h).

Ha insegnato sassofono al Conservatorio di Salerno dall'83 all'89.

Dall'89 insegna al Conservatorio di Perugia.

Nel 2001 ha insegnato ai corsi CEE per orchestra Jazz del Brass Group di Palermo assieme a Gunther Shuller e Bill Russo.